分子所现有生物活性研究室、分子组装研究室、生物电化学研究室、分子识别研究室、天然产物化学研究室、理论化学研究室等各类实验室30余间，拥有包括场发射扫描电镜、X荧光谱仪光谱仪、荧光倒置显微镜、膜片钳等10万元以上大型设备20余件，图书藏量1000余本。